Pusat Penelitian Arkeologi Nasional mempunyai tugas melaksanakan penyusunan kebijakan teknis dan penelitian di bidang arkeologi. Sedangkan fungsinya adalah:
a. penyusunan kebijakan teknis di bidang penelitian arkeologi;
b. penyusunan program penelitian di bidang arkeologi;
c. pelaksanaan penelitian di bidang arkeologi;
d. pelaksanaan konservasi dan arkeometri di bidang arkeologi;
e. fasilitasi pelaksanaan penelitian di bidang arkeologi ;
f. pelaksanaan kerja sama penelitian di bidang arkeologi;
g. pengumpulan, pengolahan dan penyajian data dan informasi di bidang arkeologi;
h. pemantauan, evaluasi, dan pelaporan pelaksanaan penelitian di bidang arkeologi; dan
i. pelaksanaan administrasi Pusat Penelitian Arkeologi Nasional .